Il y a plusieurs désavantages à utiliser des toilettes sèches. Tout d’abord, elles sont généralement plus lourdes que celles autonomes, ce qui implique une augmentation de la consommation du carburant pour leur transport et une manipulation plus difficile pour les intervenants. Ceux-ci sont alors exposés à un risque accru de troubles musculosquelettiques.
De plus, il peut être difficile de trier les matières non biodégradables qui peuvent se retrouver dans les toilettes, telles que les tampons et serviettes hygiéniques, les mégots, les pansements ou les seringues. Ces « polluants » sont piégés par les dégrilleurs dans les stations d’épuration qui traitent les effluents de toilettes autonomes. De tels systèmes n’existent pas pour les déchets de toilettes sèches. Cela peut entraîner une contamination de la sciure utilisée comme matière de compostage et rendre difficile sa valorisation ultérieure.
